Rozkošný, M., Adámek, Z., Hudcová, H., Mlejnková, H., Sedláček, P., Dzuráková, M. Kvalita prostředí vodních prvků kulturních památek a historických sídel. Posouzení stavu a možnosti řízení kvality v rámci památkové péče.. Praha : Výzkumný ústav vodohospodářský T. G. Masaryka, v.v.i., 2019, 120 s., ISBN 978-80-87402-72-6.

Polášek M., Zahrádková S., Němejcová D., Straka M., Bareš M., Opatřilová L. RIVERCHANGE. Monitoring dlouhodobých změn biologické diverzity tekoucích vod v období klimatické změny: návrh, realizace a implementace do veřejného informačního systému ARROW. Informační brožura k projektu. . Brno : Výzkumný ústav vodohospodářský T.G.M., v.v.i., Podbabská 30, Praha 6, 2017, 45 s., ISBN 978-80-87402-57-3.

Polášek M., Zahrádková S., Němejcová D., Straka M., Bareš M., Opatřilová L. RIVERCHANGE. Monitoring of long-term changes in the biodiversity of running waters at the time of climate change: proposal, implementation and incorporation into the ARROW public information system. Project Information Brochure.. Brno : Výzkumný ústav vodohospodářský T.G.M., v.v.i., Podbabská 30, Praha 6, 2017, 45 s., ISBN 978-80-87402-58-0.

Mlejnková H. a kol. Zatopené kulturní a přírodní dědictví jižní Moravy . Brno : Výzkumný ústav vodohospodářský, T.G.Masaryka, v.v.i., 2016, 76 s., ISBN 978-80-87402-51-1.

Mlejnková, H. a kol. Zatopené kulturní a přírodní dědictví jižní Moravy . Brno : Výzkumný ústav vodohospodářský, T.G.Masaryka, v.v.i., 2016, 264 s., ISBN 978-80-87402-52-8.

Asenova, M., Bannick, C.B., Bednarz, M., Bordós, G., Braun, B., Eisentraut, P., Hohenblum, P., Hudcová, H., Humer, F., István, T.G., Kerndorff, A., Kirchner, M., Kittner, M., Liška, I., Marushevska, O., Němejcová, D., Obermaier, N., Oswald, P., Paunović, M., Ricking, M., Sengl, M., Slobodnik, J., Spanowsky, K., Tudorache, M., Wagensonner, H. Joint Danube Survey 4 Scientific Report: A Shared Analysis Of The Danube River. Liška, I., Wagner, F., Sengl, M., Deutsch, K., Slobodník, J., Paunović, M. (ed.) Vienna International Centre / D0412: ICPDR – International Commission for the Protection of the Danube River 2021. [Kap] Occurrence of microplastics in the Danube River – A first screening, 487-500. ISBN 978-3-200-07450-7.

Adámek, Z., Jurajdová, Z., Janáč, M., Zahrádková, S., Nĕmejcová, D., Jurajda, P. Human Impact on Danube Watershed Biodiversity in the XXI Century. Bănăduc D., Curtean-Bănăduc A., Pedrotti F., Cianfaglione K., Akeroyd J. (eds) (ed.) Gewerbestrasse 11, 6330 Cham, Switzerland: Springer Nature Switzerland AG 2020 2020. [Kap] The Response of Fish Assemblages to Human Impacts Along the Lower Stretch of the Rivers Morava and Dyje (Danube River Basin, Czech Republic), 135-149. ISBN 978-3-030-37242-2.

Beděrková, I., Němejcová, D., Hudcová, H. Společný průzkum Dunaje 4 – výsledky největší mezinárodní říční expedice. In Vodní toky 2021 nebo 2022. Hradec Králové, 1. 11. 2030. Hradec Králové : , 2022, s. . ISBN .

Rozkošný, M., Hudcová, H., Sedláček, P., Mlejnková, H. Identification of pressures on the environment quality of the cultural heritage sites water elements and assessment of selected water quality control techniques response. In 19th International Multidisciplinary Scientific Geoconferemce SGEM 2019. Conference Proceedings. Volume 19. Ecology, Economics, Education and Legislation. Issue: 5.2. Ecology and Environmental Protection.. Albena, Bulgaria, 30. 6. 2019. Sofia, Bulgaria : SGEM Secretariat Bureau, 2019, s. 445-452. ISSN 1314-2704.

Polášek, M., Zahrádková, S., Němejcová, D., Dlouhodobé změny diverzity makrozoobentosu v tekoucích vodách – výsledky projektu RIVERCHANGE. In Sacherová V. XVIII. Konference České limnologické společnosti a Slovenskej limnologickej spoločnosti. Kořenov, 1. 11. 2030. Praha : Česká limnologická společnost, 2018, s. s. 79. ISBN .

Tušil, P., Vyskoč, P., Kodeš, V, Němejcová, D., Borovec, J. Doporučení pro optimalizaci procesu hodnocení stavu povrchových vod pro 3. plány povodí. In . ČVTVHS Novotného lávka, Praha, 21. 3. 2018. : , 2018, s. . ISBN .

Tušil, P., Vyskoč, P., Kodeš, V, Němejcová, D., Borovec, J. Doporučení pro optimalizaci procesu hodnocení stavu povrchových vod pro 3. plány povodí. In VÚV TGM, v.v.i. . ČVTVHS Novotné lávka, Praha, 21. 3. 2018. Praha : , 2018, s. . ISBN .

Straka M., Němejcová D., Polášek M., Šupina J. Makrozoobentosu drobných stojatých vod na hnědouhelných výsypkách. In Sacherová V. XVIII. Konference České limnologické společnosti a Slovenskej limnologickej spoločnosti. Kořenov, 25. 6. 2018. : Česká limnologická společnost, 2018, s. 90. ISBN .

Rozkošný, M., Hudcová, H., Mlejnková, H., Petránová, A., Sedláček, P., Dzuráková, M. Methodological approach to evaluation of the threat to the state and quality of the environment of water elements forming part of cultural heritage. In ECHOPOLIS INTERNATIONAL 2018 - BOOK OF ABSTRACTS. Atény, Řecko, 26. 11. 2018. Atény, Řecko : Eugenides Foundation; Panteion University, 2018, s. 23-24. ISBN .

Dzuráková, M., Forejtníková, M., Křížová, A., Mlejnková, H., Rozkošný, M., Uhrová, J., Sedláček, P. Multidisciplinary approach to the selected natural and anthropogenic threats assessment of cultural heritage sites. In ECHOPOLIS INTERNATIONAL 2018 - BOOK OF ABSTRACTS. Atény, Řecko, 26. 11. 2018. Atény, Řecko : Eugenides Foundation; Panteion University, 2018, s. 24-25. ISBN .

Němejcová, D., Zahrádková, S., Polášek, M., Bareš, M., Opatřilová, L., Straka, M., Bojková, J., Grulich, V., Herza, T., Sedmidubský, Z. Projekt RIVERCHANGE: Monitoring dlouhodobých změn biologické diverzity tekoucích vod v období klimatické změny: návrh, realizace a implementace do IS ARROW. In Sacherová V. XVIII. Konference České limnologické společnosti a Slovenskej limnologickej spoločnosti. Kořenov, 25. 6. 2018. Praha : Česká limnologická společnost, 2018, s. 69. ISBN .

Mlejnková, H., Rozkošný, M., Adámek, Z., Dzuráková, M., Hudcová, H., Petránová, A., Sedláček, P. Všetičková, L. PRŮZKUM VODNÍHO PROSTŘEDÍ RYBNÍKŮ A NÁDRŽÍ PAMÁTKOVĚ CHRÁNĚNÝCH AREÁLŮ JAKO PODKLAD PRO ZLEPŠENÍ POSTUPŮ ÚDRŽBY A PÉČE. In Veronika Sacherová Sborník příspěvků XVIII. konference České a Slovenské limnologické společnosti. Kořenov, 25. 6. 2018. Praha : Limnospol, 2018, s. 67. ISBN nepřiděleno.

Rozkošný, M., Mlejnková, H., Hudcová, H., Petránová, A., Sedláček, P., Dzuráková, M. Rybníky a nádrže památkově chráněných areálů. In David, V., Davidová, T. Rybníky 2018. Praha, 14. 6. 2018. Praha : Česká technika - nakladatelství ČVUT, 2018, s. 128-136. ISSN 2570-5075.

Michal Straka, Denisa Němejcová, Světlana Zahrádková, Marek Polášek, Petr Pařil Vysychání drobných vodních toků a biodiverzita. In Fošumpaur P., Zukal M. Úloha nádrží a dalších opatření při zvládání extrémních hydrologických jevů v povodích. Praha, 1. 10. 2018. Praha : České vysoké učení technické v Praze, Fakulta stavební, Katedra hydrotechniky, 2018, s. 150-159. ISBN 978-80-01-06496-2.

Rozkošný, M., Adámek, Z., Dzuráková, M., Hudcová, H., Mlejnková, H., Mlejnská, E., Petránová, A., Sedláček, P. Kvalita vodního prostředí rybníků a nádrží památkově chráněných zahrad, areálů a rezervací. In Tereza Davidová, Václav David Krajinné inženýrství 2017. MZe, Praha, 19. 10. 2017. Brno : Brno: Tribun EU, s.r.o., 2017, s. 163–175. ISBN 978-80-263-1341-0.

Hana Hudcová, Miloš Rozkošný, Radek Novotný, Pavel Sedláček, Miriam Dzuráková Složení sedimentů malých retenčních vodních nádrží v zemědělské krajině a porovnání se sedimenty produkčních rybníků. In Pavel Hucko, Peter Tölgyessy Sedimenty vodných tokov a nádrží. Bratislava, 17. 5. 2017. Bratislava : Slovenská vodohospodárska spoločnosť pri Výskumnom ústave vodného hospodárstva v Bratislave, 2017, s. 33 - 46. ISBN 978-80-89740-13-0.

Rozkošný, M., Hudcová, H., Mlejnková, H., Mlejnská, E., Petránová, A., Sedláček, P., Dzuráková, M. Water elements of cultural heritage and historical sites in the relationship to the landscape state and climate changes. In Ing. Jitka Fialová, MSc., Ph.D.; Dana Pernicová Public recreation and landscape protection - with nature hand in hand. Brno, 1. 5. 2017. Brno : Mendel University Press, Brno, 2017, s. 510-514. ISSN 2336-6311.

Němejcová, D., Zahrádková, S., Polášek, M. Nenápadný svět vodních bezobratlých - obraz vývoje krajiny. In Mgr. Miroslav Svoboda, Ph.D. XXXII. Mikulovské sympozium "Voda v dějinách Moravy". Člověk a voda v dějinách: život - prostředí - technika - každodennost - rituály. Mikulov, 22. 10. 2014. Břeclav : Muzejní a vlastivědná společnost v Brně, 2016, s. 407-415. ISBN 978-80-86931-99-4.

Barbora Sedlářová, Eduard Hanslík, Martina Kluganostová ČSN 75 7627 – KVALITA VOD - STANOVENÍ OLOVA 210. In RNDr. Jana Merešová, PhD. XXIII. Konzultačné dni pracovníkov vodohospodárských laboratórií. Topoľčanky, 7. 9. 2015. VÚVH, Bratislava : VÚVH, Bratislava, 2015, s. 12-14. ISBN 978-80-89740-09-3.

Rozkošný, M., Hudcová, H., Sedláček, P., Dzuráková, M. Water quality and recreation functions in the process of abandoned small water reservoirs and ponds restoration and management proposal. In Fialová Jitka, Pernicová Dana Public recreation and landscape protection - with man hand in hand! Conference proceeding.. Brno, 3. 5. 2015. Brno : Mendel University in Brno, 2015, s. 292-295. ISSN 2336-6311.

Rozkošný, M., Sedláček, P., Dzuráková, M., Konvit, I., Sova, J. Metodický přístup k hodnocení ohrožení stavu a kvality prostředí vodních prvků kulturního dědictví. In Forejtníková, M., Smelík, L. Památky a jejich ohrožení přírodními a antropogenními vlivy. Heritage and its vulnerability to natural and anthropogenic stresses.. Telč, 1. 6. 2015. Brno : Výzkumný ústav vodohospodářský T. G. Masaryka, v.v.i., 2015, s. 111 - 150. ISBN 978-80-87402-39-9.

Adámek, Z., Rozkošný, M., Hlaváč, D., Sedláček, P. Odnos fosforu a nerozpuštěných látek v průběhu výlovu kaprových rybníků. In David Václav, Davidová Tereza Rybníky - naše dědictví i bohatství pro budoucnost. Praha, 18. 6. 2015. Praha : Česká technika - nakladatelství ČVUT, 2015, s. 90-98. ISBN 978-80-01-05765-0.

Rozkošný, M., Adámek, Z., Dzuráková, M., Sedláček, P., Hudcová, H. Posouzení vztahu mezi kvalitou vody a funkcemi malých vodních nádrží pro jejich výstavbu s využitím ploch zaniklých rybníků. In David Václav, Davidová Tereza Rybníky - naše dědictví i bohatství pro budoucnost. Praha, 18. 6. 2015. Praha : Česká technika - nakladatelství ČVUT, 2015, s. 26-34. ISBN 978-80-01-05765-0.

Opatřilová, L., Němejcová, D., Zahrádková, S., Marvan, P., Grulich, V., Desortová, B., Horký, P., Rosendrof, P., Tušil, P. Hodnocení ekologického stavu a potenciálu tekoucích vod v České republice - aplikace aktuálních metod hodnocení. In Říhová Ambrožová Jana Vodárenská biologie 2014. Praha, 5. 2. 2014. Pardubice-Semtín : CALLISTO-96, s.r.o., 2014, s. 47-55. ISBN 978-80-86832-78-4.

Němejcová, D., Zahrádková, S., Opatřilová, L., Syrovátka, S. Metodika hodnocení ekologického stavu velkých řek podle makrozoobentosu. In Říhová Ambrožová, J. Vodárenská biologie 2014. Praha, hotel DAP, 5. 2. 2014. Chrudim : Vodní zdroje EKOMONITOR spol. s r.o., 2014, s. 33-39. ISBN 978-80-86832-78-4.

Zahrádková, S., Pařil, P., Syrovátka, V., Skočovský, L., Polášek, M., Němejcová, D. Využití databáze SALAMANDER pro analýzy biologických aspektů vlivu sucha na drobné vodní toky. In Říhová Ambrožová, J. Vodárenská biologie 2014. Praha, hotel DAP, 5. 2. 2014. Chrudim : Vodní zdroje EKOMONITOR spol. s r.o., 2014, s. . ISBN 978-80-86832-78-4.

Polášek, M., Zahrádková, S., Němejcová, D. Změna struktury biotopů po výstavbě Novomlýnských nádrží a důsledky pro modelové druhy vodních bezobratlých. In Štiková, K., Pithart, D. Říční krajina 10, Sborník příspěvků z konference. Brno, 15. 10. 2014. Brno : , 2014, s. 92-93. ISBN 978-80-260-7099-3.

Tušil, P., Opatřilová, L., Rosendorf, P., Durčák, M., Němejcová, D. Systém hodnocení stavu povrchových vod. In VRV, a.s. Praha Vodní toky 2013. Hradec Králové, 26. 11. 2013. Hradec Králové : Lesnická práce, s.r.o., 2013, s. 122-128. ISBN 978-80-7458-048-2.

Opatřilová, L., Kokeš, J., Němejcová, D., Syrovátka, V., Zahrádková S. Metodika hodnocení ekologického stavu tekoucích vod České republiky podle makrozoobentosu. In Čiamporová-Zaťovičová Zuzana XVI. konferencia Slovenskej limnologickej společnosti a České limnologické společnosti - Zborník príspevkov. Jasná, Slovensko, 25. 6. 2012. Dúbravská cesta 9, 845 06, Bratislava : Slovenská limnologická společnost při SAV, 2012, s. 203-203. ISBN 978-80-971056-0-0.

Marvan, P., Němejcová, D., Zahrádková, S., Opatřilová, L., Fremrová, L. Revize ČSN 75 7716 - Stanovení saprobního indexu. In Čiamporová-Zaťovičová Zuzana XVI. konferencia Slovenskej limnologickej společnosti a České limnologické společnosti - Zborník príspevkov. Jasná, Slovensko, 25. 6. 2012. Dúbravská cesta 9, 845 06, Bratislava, Slovensko : Slovenská limnologická společnost při SAV, 2012, s. 197-197. ISBN 978-80-971056-0-0.

Rozkošný, M., Řídká, A., Sedláček, P., Dzuráková, M. Vliv vybraných rybníků a malých vodních nádrží jižní a střední Moravy na kvalitu vodního prostředí a protipovodňovou ochranu. In Petřivalská, K., Pithart, D. Říční krajina 8. Sborník příspěvků z konference. Praha, 18. 10. 2012. Praha : Koalice pro řeky, 2012, s. 149-154. ISBN 978-80-87651-02-5.

Rozkošný, M., Řídká, A., Sedláček, P., Dzuráková, M. Vliv vybraných rybníků jižní a střední Moravy na kvalitu vodního prostředí a protipovodňovou ochranu. In Čiamporová-Zaťovičová, Z. XVI. konferencia Slovenskej limnologickej spoločnosti a České limnologické společnosti - Zborník príspevkov. Jasná, Nízke Tatry, 25. 6. 2012. Bratislava : Slovenská limnologická spoločnosť pri SAV, 2012, s. . ISSN 978-80-97.

Rozkošný, M., Dzuráková, M., Hudcová, H., Sedláček, P. Surface water quality improvement by the natural and constructed wetlands and small water reservoirs in the Morava river basin (Czech republic, Danube river basin). In 13th International conference Wetland systems for water pollution control. Perth, 25. 11. 2012. Perth : Murdoch University Perth, 2012, s. . ISBN N.

Řezníčková, P., Opatřilová, L., Syrovátka, V., Kokeš, J., Němejcová, D., Janovská, H. Makrozoobentos Labe a Vltavy – testování účinnosti odběrových zařízení na nebroditelných tocích.. In . , 0. 0. 0000. : , 2011, s. . ISBN .

Němejcová, D., Opatřilová, L., Kokeš, J., Řezníčková, P. Testování německého systému hodnocení ekologického stavu nebroditelných toků podle makrozoobentosu v českých podmínkách. In Říhová Ambrožová Jana, Veselá Jana Vodárenská biologie 2011, 2.-3.2.2011, Praha, Česká Republika. Státní zdravotní ústav, Praha, 2. 2. 2011. Pardubice - Semtín : Vodní zdroje EKOMONITOR s.r.o., Chrudim, 2011, s. 197-198. ISBN 978-80-86832-56-2.

Němejcová, D., Opatřilová, L., Kokeš, J., Řezníčková, P. Hodnocení ekologického stavu nebroditelných toků podle makrozoobentosu: testování německého systému hodnocení v českých podmínkách.. In Světlana Zahrádková, Pavla Řezníčková Symposium Říční dno VII, Sborník abstraktů a příspěvků, 2.-4.11.2010. Šlapanice u Brna, 2. 11. 2010. Brno : , 2010, s. 37-37. ISBN 978-80-210-5310-6.

Opatřilová L., Kokeš J., Syrovátka V., Němejcová D., Zahrádková S. Hodnocení ekologického stavu tekoucích vod ČR podle makrozoobentosu: vývoj a popis metodiky. In Světlana Zahrádková, Pavla Řezníčková Symposium Říční dno VII, Sborník abstraktů a příspěvků. Šlapanice u Brna, 2. 11. 2010. Brno : Masarykova univerzita, 2010, s. 38-39. ISBN 978-80-210-5310-6.

Rozkošný, M., Sedláček, P. Dražovice reed beds and stabilisation pond wastewater treatment system: long-term operation and monitoring results. In F.Masi, J.Nivala 12th IWA International Conference on Wetland Systems for Water Pollution Control, Volume II. Venice, Italy, 4. 10. 2010. San Giovanni Valdarno, Italy : Palombi Editori, 2010, s. 888-895. ISBN 978-88-6060-300-5.

Řezníčková P., Opatřilová L., Syrovátka V., Kokeš J., Němejcová D. & H. Janovská Společenstva makrozoobentosu nebroditelných úseků řek Vltavy a Labe. In Zahrádková S., Řezníčková P. Symposium Říční dno VII. Šlapanice u Brna, 2. 11. 2010. Brno : Masarykova univerzita, 2010, s. . ISBN 978-80-210-5310-6.

Rozkošný, M., Kokeš, J., Heteša, J., Marvan, P., Sedláček, P. Změny ve vodních ekosystémech a jakosti vod vybraných malých vodních toků po revitalizaci. In Zahrádková S., Řezničková P. Symposium Říční dno VII. Sborník abstraktů a příspěvků.. Šlapanice u Brna, 2. 11. 2011. Brno : Masarykova univerzita, 2010, s. 47-47. ISBN 978-80-210-5310-6.

Mlejnková H., Sedláček P., Žáková Z. 30 let sledování vlivu energeticky využívané soustavy nádrží Dalešice-Mohelno na změny hydrobiologických ukazatelů řeky Jihlavy. In Lenka Kröpfelová, Jana Šulcová Sborník příspěvků 15. konference České limnologické společnosti a Slovenskej limnologickej spoločnosti. Třeboň, 22. 6. 2009. Praha : Česká limnologická společnost, 2009, s. 193-194. ISBN 978-80-254-4698-0.

Janovská, H., Kubošová, K., Soldán, T., Zahrádková, S., Jarkovský, J., Bartušek, P., Opatřilová, L. Environmentální profily jepic (Ephemeroptera) České republiky. In Kropfelová Lenka a Šulcová Jana Sborník příspěvků 15. konference České lomnologické společnosti a Slovenskej limnologickej spoločnosti. Třeboň, 22. 6. 2009. Třeboň : Česká limnologická společnost, 2009, s. 110-110. ISBN 978-80-254-4698-0.

Zahrádková S., Soldán T., Helešic, J., Němejcová, D. Species traits revival aneb co vše lze využít pro hodnocení ekologického stavu toků pomocí makrozoobentosu.. In Kropfelová L., Šulcová J. Sborník příspěvků 15. konference České limnologické společnosti a Slovenskej limnologickej spoločnosti.. Třeboň, 22. 6. 2009. Třeboň : Česká limnologická společnost, 2009, 2009, s. . ISBN 978-80-254-4698-0.

Slezáková, K., Mlejnková, H., Sedláček, P. Vliv odpadních vod z výroby kyseliny citronové na ekotoxicitu povrchových vod. In Lenka Kröpfelová, Jana Šulcová Sborník příspěvků 15. konference České limnologické společnosti a Slovenskej limnologickej spoločnosti. Třeboň, 22. 6. 2009. Praha : Česká limnologická společnost, 2009, s. 238-239. ISBN 978-80-254-4698-0.

Soldán, T., Zahrádková, S., Kubošová, K., Janovská, H. Životní cykly jepic (Ephemeroptera) a jejich význam pro detekci změn vodních ekosystémů. In Kropfelová Lenka a Šulcová Jana Sborník příspěvků 15. konference České lomnologické společnosti a Slovenskej limnologickej spoločnosti. Třeboň, 22. 6. 2009. Třeboň : Česká limnologická společnost, 2009, s. 241-241. ISBN 978-80-254-4698-0.

Rozkošný, M., Sedláček, P., Hudcová, H., Mojžíšková, H., Badurová, J., Sova, J., Březinová, R. Monitoring of the uranium mining industry impact on the water ecosystem in the middle part of the Svratka River Basin. In Rapantová N., Hrkal Z. Proceedings of the 10th IMWA Congress 2008. Mine water and the environment. Karlovy Vary, 2. 6. 2008. Ostrava : VŠB - Technical University of Ostrava, 2008, s. 205-208. ISBN 978-80-248-1767-5.

Hudcová, H., Mojžíšková, H., Badurová, J., Rozkošný, M., Sedláček, P., Sova, J., Březinová, R. Monitoring of the uranium mining industry impact on the water ecosystem in the middle part of the Svratka River Basin. In Rapantová N., Hrkal Z. Proceedings of the 10th IMWA Congress 2008. Mine water and the environment. Karlovy Vary, 2. 6. 2008. Ostrava : VŠB - Technical University of Ostrava, 2008, s. 205-208. ISBN 978-80-248-1767-5.

Straka M., Polášek M., Csabai Z., Zweidick O., Graf W., Meyer E. I., Mišíková Elexová E., Lešťáková M., Pařil P. Stream drying bioindication in Central Europe: A Biodrought Index accuracy assessment. Ecological Indicators, 2021, č. 130, s. 108045. ISSN 1470-160X.

Borza P, Csányi B, Đanić V, Kenderov L, Kladarić L, Lešťáková M, Muc T, Němejcová D, Očadlík M, Paunović M, Rotar B, Szekeres J, Veseli M, Zorić K Peracarid crustaceans in the River Danube and its tributaries: results of the 4th Joint Danube Survey. BioInvasions Records, 2021, roč. 10, č. 3, s. 623-628. ISSN 22421300.

Loskotová B., Straka M., Polášek M., Dostálová A., Pařil P. Macroinvertebrate seedbank survival in pristine and nutrient-enriched intermittent streams and its contribution to flow phase communities. Hydrobiologia, 2021, č. 848, s. 1911-1923. ISSN 0018-8158.

Mičaník, T., Vyskoč, P., Prchalová, H., Polášek, M., Němejcová, D., Durčák, M., Richter, P. Surface Water Status Assessment for the Third Cycle River Basin Management Plan of the Czech Republic. VTEI – Vodohospodářské vědecko-technické informace, 2020, roč. 2020, č. 6, s. 4-18. ISSN 0322-8916.

Rozkošný, M., Kratina, J., Hudcová, H., Sedláček, P. Poznatky z testování vybraných biochemických přípravků pro úpravu prostředí vodních prvků kulturních památek. VTEI, 2020, roč. 62, č. 1, s. 45 - 51. ISSN 0322-8916.

Sovová K., Polášek M., Kroča J., Mlejnková H. The influence of environmental factors on microbial community composition in a mountain river. Acta Musei Silesiae, Scientiae Naturales, 2020, roč. 2020, č. 69, s. 75-88. ISSN 2336-3193.

Šereš, M., Rozkošný, M., Hudcová, H., Šalanda, P., Innemanová, P., Sedláček, P. The application of treated wastewater for the irrigation of fast-growing trees - field experiments on constructed wetland. WASTE FORUM, 2019, roč. 2019, č. 4, s. 350-360. ISSN 1804-0195.

Straka M., Polášek M., Syrovátka V., Stubbington R., Zahrádková S., Němejcová D., Šikulová L., Řezníčková P., Opatřilová L., Datry T., Pařil P. Recognition of stream drying based on benthic macroinvertebrates: A new tool in Central Europe. Ecological Indicators, 2019, č. 106, s. . ISSN 1470-160X.

Němejcová D., Hudcová H., Beděrková I. Společný průzkum Dunaje 4 - největší mezinárodní říční expedice roku 2019 se blíží. VTEI, 2019, roč. 2019, č. 2, s. 50-51. ISSN 0322-8916.

Rozkošný, M., Dzuráková, M., Hudcová, H., Mlejnková, H., Petránová, A., Sedláček, P. Kvalita prostředí vodních prvků památkově chráněných areálů. VTEI, 2018, roč. 2018, č. 6, s. 40-47. ISSN 0322-8916.

Kolář V., Straka M., Sychra J., Boukal D. Vodní brouci jako zrcadlo našeho hospodaření s vodou. Vodní Hospodářství, 2018, roč. 68, č. 6, s. 6-11. ISSN 1211-0760.

Boukal D. S., Straka M. & Trávníček D. Dryopidae (nohatcovití).. Příroda, 2017, roč. 36, č. , s. 337-338. ISSN 1211-3603.

Straka M. & Boukal D. S. Elmidae (vodnářovití).. Příroda, 2017, roč. 36, č. , s. 348-349. ISSN 1211-3603.

Kment P., Hradil K., Straka M. & Sychra J. Heteroptera (ploštice).. Příroda, 2017, roč. 36, č. , s. 137-147. ISSN 1211-3603.

Straka M., Boukal D. S. & Trávníček D. Hydraenidae (vodanovití).. Příroda, 2017, roč. 36, č. , s. 363-366. ISSN 1211-3603.

Trávníček D., Straka M. & Sychra J. Hydrophiloidea (vodomilové).. Příroda, 2017, roč. 36, č. , s. 367-370. ISSN 1211-3603.

Mičaník T., Hanslík E., Němejcová D., Baudišová D. Klasifikace kvality povrchových vod . Vodohospodářské technicko ekonomické informace , 2017, roč. 59, č. 6/2017, s. 4-11. ISSN 0322-8916.

Straka M. & Boukal D. S. Limnichidae (pobřežníčkovití).. Příroda, 2017, roč. 36, č. , s. 377-378. ISSN 1211-3603.

Němejcová Denisa, Zahrádková Světlana, Polášek Marek Přehrady a vodní bezobratlí živočichové. VTEI, 2017, roč. 2017, č. I, s. 40-53. ISSN 0322-8916.

Boukal D. S. & Straka M. Scirtidae (mokřadníkovití).. Příroda, 2017, roč. 36, č. , s. 414-415. ISSN 1211-3603.

Durčák, M., Straka, M., Zahrádková S., Polášek, M., Němejcová, D., Tušil, P., Šajer, J. Zhodnocení dopadů sucha v útvarech povrchových vod na vodní a vodu vázané organismy. Vodohospodářské technicko-ekonomické informace, 2017, roč. 59, č. 4, s. 33-36. ISSN 0322-8916.

Rozkošný, M., Adámek, Z., Hudcová, H., Sedláček, P., Pavelková, R. David, V., Dzuráková, M. Posouzení vztahu mezi kvalitou vody a funkcemi malých vodních nádrží. VTEI, 2016, roč. 58, č. 1, s. 20-27. ISSN 0322-8916.

ZAHRÁDKOVÁ, S.,O. HÁJEK,P. TREML,P. PAŘIL,M. STRAKA,D. NĚMEJCOVÁ,M. POLÁŠEK,P. ONDRÁČEK Hodnocení rizika vysychání drobných vodních toků v České republice. Vodohospodářské technicko-ekonomické informace, 2015, roč. 57, č. 6, s. 4-16. ISSN 0322-8916.

Adámek, Z., Zahrádková, S., Jurajda, P., Bernardová, I., Jurajdová Z., Janáč, M., Němejcová, D. The response of benthic macroinvertebrate and fish assemblages to human impact in along the lower stretch of the rivers Morava and Dyje rivers (the Danube River basin, Czech Republic). Croatian Journal of Fisheries, 2013, č. 71, s. 93-115. ISSN 344272Q3R.

Rozkošný, M., Sedláček, P. Dočištění odtoků z kořenových čistíren odpadních vod stabilizačními nádržemi. VTEI, 2013, roč. 55, č. 1/2013, s. 7-12. ISSN 0322-8916.

Všetičková, L., Adámek, Z., Rozkošný, M., Sedláček, P. Environmental Impacts of Carp Pond Farming on Discharged Water Quality. World Aquaculture, 2013, roč. 44, č. 4, s. 46-49. ISSN 1041-5602.

Zdeňka Žáková, Manfred Pum, Pavel Sedláček, Hana Mlejnková, František Hindák New records of Compsopogon aeruginosus (Rhodophyta) in rivers of central Europe. Oceanological and Hydrobiological Studies, 2013, roč. 42, č. 4, s. 412-419. ISSN 1730-413X.

ŘEZNÍČKOVÁ, P.,L. TAJMROVÁ,P. PAŘIL,S. ZAHRÁDKOVÁ Effects of drought on the composition and structure of benthic macroinvertebrate assemblages – a case study. ACTA UNIVERSITATIS AGRICULTURAE ET SILVICULTURAE MENDELIANAE BRUNENSIS, 2013, roč. 61, č. 6, s. 1853-1865. ISSN 1211-8516.

Všetičková, L., Adámek, Z., Rozkošný, M., Sedláček, P. Effects of semi-intensive carp pond farming on discharged water quality. ACTA ICHTHYOLOGICA ET PISCATORIA, 2012, roč. 42, č. 3, s. 223-231. ISSN 1734-1515.

Němejcová, D., Opatřilová, L., Kokeš, J., Řezníčková, P. Hodnocení ekologického stavu nebroditelných toků podle makrozoobentosu: testování německého systému. VTEI, 2011, roč. 53, č. I, s. 10-12. ISSN 0322-8916.

Opatřilová, L., Kokeš, J., Syrovátka, V., Němejcová, D., Zahrádková, S. Hodnocení tekoucích vod ČR podle makrozoobentosu: vývoj a popis metodiky.. VTEI Vodohospodářské technicko-ekonomické informace, Mimořádné číslo I/2011, 2011, roč. 53, č. 1, s. 6-9. ISSN 0322-8916.

Sedláček, P. Hodnocení vlivu údolních nadrží Dalešice - Mohelno na fytoplankton řeky Jihlavy- I.. VTEI, 2011, roč. 53, č. 6, s. 19-21. ISSN 0322-8916.

Rozkošný, M., Sedláček, P., Sova, J., Funková, R. Dražovice reed beds and stabilisation pond wastewater treatment system: long-term operation and monitoring results. Water Practice & Technology, 2011, roč. 6, č. 3, s. 1-8. ISSN 1751-231X.

Řezníčková, P., Opatřilová, L., Němejcová, D., Kokeš, J. Makrozoobentos epipotamálních úseků řek Labe a Vltavy - příspěvek k poznání společenstev hlubokých částí dna. VTEI Vodohospodářské technicko-ekonomické informace, 2011, roč. 53, č. I, s. 23-28. ISSN 0322-8916.

Rozkošný, M., Adámek, Z., Heteša, J., Všetičková, L., Marvan, P., Sedláček, P. Vliv rybníků na vodní ekosystémy recipientů jižní Moravy. VTEI, 2011, roč. 53, č. 1/2011, s. 18-21. ISSN 0322-8916.

Řezníčková, P., Soldán, T., Pařil, P., Zahrádková, S. Porovnání taxocenóz jepic (Ephemeroptera) intermitentního a permanentního malého toku střední Evropy prostřednictvím vlastností druhů. Biologia, 2010, roč. 65, č. 4, s. 720-729. ISSN 0006-3088.

Zahrádková, S., Soldán, T., Bojková, J., Helešic, J., Janovská, H., Sroka, P. Distribution and biology of mayflies (Ephemeroptera) of the Czech Republic: present status and perspectives. Aquatic Insects, 2009, roč. 31, č. 1, s. 629-652. ISSN 0165-0424.

Opatřilová, L., Kokeš, J., Zezulová, H., Řezníčková, P., Němejcová, D., Janovská H., Tajmrová, L. Srovnání účinnosti vzorkovacího zařízení pro studium fauny dna nebroditelných toků. VTEI, příloha Vodního hospodářství č. 6/2009, 2009, roč. 51, č. 3, s. 14-16. ISSN 0322-8916.

Výzkumný ústav vodohospodářský T. G. Masaryka, v.v.i., Praha 6, Dejvice, CZ Směrový plovák pasivního vzorkovače plavenin vodního toku. Původce vzoru: Němejcová, D., Hudcová, H., Sova, J., Svoboda, M., Rozkošný, M., Mrvová, M.. Int. 34947. Úřad průmyslového vlastnictví.

Výzkumný ústav vodohospodářský TGM, v.v.i. Filtr tvořený plovoucím vegetačním ostrovem s podhladinovými prvky. Původce vzoru: Rozkošný, M., Sova, J., Sedláček, P., Novotný, R.. Int. 27860. Úřad průmyslového vlastnictví.

Výzkumný ústav vodohospodářský TGM, v.v.i., Praha 6, CZ Souprava pro odběr sedimentu z vyschlého dna. Původce vzoru: Petr Pařil, Marek Polášek, Michal Straka. Int. 27576. Úřad průmyslového vlastnictví.

Rozkošný, M., Onderek, T., Hudcová, H., Sedláček, P. Konstrukce modelu autonomního bioreaktoru. funkční vzorek. 2018, Výzkumný ústav vodohospodářský T. G. Masaryka, v.v.i..

Rozkošný, M., Plotěný, M., Vinklárková, D., Novotný, R., Sova, J., Sedláček, P., Matysíková, J. Dočišťovací filtr se speciální náplní. funkční vzorek. 2015, Výzkumný ústav vodohospodářský T. G. Masaryka, v.v.i..

Fremrová L., Baudišová D., Mičaník T., Hanslík E., Němejcová D., Mlejnková H., Polášek M., Peková A.. ČSN 757221 Kvalita vod - Klasifikace kvality povrchových vod . výsledky promítnuté do směrnic a předpisů nelegislativní povahy závazných v rámci kompetence příslušného poskytovatele: ČSN 757221 Úřad pro technickou normalizaci, metrologii a státní zkušebnictví (technicky připravil Sweco-Hydroprojekt a.s.) [CR, 2017]

Fremrová L., Němejcová D., Opatřilová L., Zahrádková S., Adámek Z., Mastná A. ČSN 75 7714 Jakost vod - Biologický rozbor - Stanovení bentosu . výsledky promítnuté do směrnic a předpisů nelegislativní povahy závazných v rámci kompetence příslušného poskytovatele: ČSN 75 7714 Úřad pro technickou normalizaci, metrologii a státní zkušebnictví (technicky připravil Sweco-Hydroprojekt a.s.) [CR, 2015]

Fremrová, L., Kokeš, J., Němejcová, D., Opatřilová, L., Janovská, H., Zahrádková, S. ČSN 75 7701 Jakost vod - Metodika odběru a zpracování vzorků makrozoobentosu tekoucích vod metodou PERLA. výsledky promítnuté do právních předpisů a norem: ČSN 75 7701 Český normalizační institut, Praha [CR, 2008]

Janáč M., Jurajda P., Polášek M., Němejcová D. Metodika hodnocení ekologického stavu útvarů povrchových vod tekoucích (kategorie řeka) pomocí biologické složky ryby. 2020, Ministerstvo životního prostředí, Vršovická 65, 100 10 Praha 10, 4. 2. 2020.

Rozkošný, M., Hudcová, H., Kratina, J., Sedláček, P., Dzuráková, M. Postupy využití a aplikace biochemických přípravků při řešení kvality vodního prostředí a stavu sedimentů vodních prvků v rámci památkové péče. 2020, Ministerstvo kultury České Republiky, Maltézské náměstí 1, 118 00 Praha 1, 4. 6. 2020.

Adámek, Z., Rozkošný, M., Hudcová, H., Kratina, J., Sedláček, P. Zásady udržitelnosti rybí obsádky vodních prvků kulturních památek a historických sídel. 2020, Ministerstvo kultury České Republiky, Maltézské náměstí 1, 118 00 Praha 1, 20. 2. 2020.

Forejtníková, M.; Dzuráková, M.; Konvit, I.; Mlejnková, H.; Ošlejšková, J.; Rozkošný, M.; Sedláček, P.; Smelík, L.; Uhrová, J.; Russnák, J.; Šikula, J.; Havlín, A.; Krejčí, V.; Kupec, P.; Deutscher, J.; Huzlík, J.; Pelikán, L. Hodnocení míry potenciálního ohrožení památek vybranými antropogenními a přírodními vlivy . 2015, , 16. 12. 2015.

Forejtníková, M., Křížová, A., Šikula, J., Huzlík, J., Kupec, P., Dzuráková, M., Konvit, I., Mlejnková, H., Ošlejšková, J., Rozkošný, M., Sedláček, P., Smelík, L., Uhrová, J., Eismann, Š., Grausgruberová, L., Šťovíčková, A., Vichrová, V., Pavlík, F., Chlubna, L. Metodika hodnocení míry potenciálního ohrožení památek antropogenními a přírodními vlivy. 2015, Ministerstvo kultury, Maltézské náměstí 1, Praha 1, 3. 3. 2016.

Němejcová, D., Zahrádková, S., Opatřilová, L., Syrovátka, S. Metodika hodnocení biologické složky bentičtí bezobratlí pro velké nebroditelné řeky. 2014, Ministerstvoživotníhoprostředí,Vršovická1442/65,Praha10,10010, 26. 8. 2014.

Opatřilová, L., Němejcová, D., Zahrádková, S., Horký, P., Marvan, P., Desortová, B., Grulich, V., Tušil, P., Durčák, M., Maciak, M. Metodika pro stanovení referenčních podmínek pro jednotlivé složky biologické kvality. 2014, 1001-65-42, 25. 4. 2014.

Opatřilová, L., Kokeš, J., Němejcová, D., Syrovátka, V., Zahrádková S., Maciak, M., Horký, P. Metodika hodnocení ekologického stavu útvarů povrchových vod tekoucích (kategorie řeka) pomocí biologické složky makrozoobentos. 2012, SekcetechnickéochranyživotníhoprostředíMŽP, 7. 12. 2012.

Věra KLADIVOVÁ, Radka ČABLOVÁ, Zuzana HOŘICKÁ, Hana JANOVSKÁ, Vojtěch MRÁZEK, Denisa NĚMEJCOVÁ, Marek POLÁŠEK, Kamila TICHÁ Čistírna odpadních vod (ČOV) v Kvildě: průzkum taxonomického a početního zastoupení makrozoobentosu v Teplé Vltavě nad a pod ČOV, vyhodnocení na základě biotických indexů. Výzkumná zpráva. VÚV TGM Praha : Správa Národního parku Šumava, 2018, 13 s.

Rozkošný, M., Onderek, T., Hudcová, H., Petránová, A., Sedláček, P. Poloprovozní sestava autonomního bioreaktoru. poloprovoz. 2018, Výzkumný ústav vodohospodářský T. G. Masaryka, v.v.i., Česká republika.

Němejcová D. a kol. Edukační program „Jak se žilo v Bítově a Kníničkách než zmizely pod hladinami přehradních nádrží?“ [on-line]. VÚV TGM, v.v.i., 2016, 15. 11. 2016
http://heis.vuv.cz/projekty/zatopene-dedictvi

Smelík Lukáš a kol. Edukační program „Procházka starým Bítovem“ [on-line]. VÚV TGM, v.v.i., 2016, 15. 11. 2016
http://heis.vuv.cz/projekty/zatopene-dedictvi

Mlejnková H. a kol. Zatopené kulturní a přírodní dědictví jižní Moravy [on-line]. Výzkumný ústav vodohospodářský, T.G.Masaryka, v.v.i., 2016, 2. 5. 2016
http://heis.vuv.cz/projekty/zatopene-dedictvi

Mlejnková H. a kol. Zatopené kulturní a přírodní dědictví jižní Moravy [on-line]. VÚV TGM, v.v.i., 2016, 18. 10. 2016
http://heis.vuv.cz/data/webmap/datovesady/projekty/zatopenededictvi/dtb.asp

Konvit, I., Forejtníková, M., Eismann, Š., Dzuráková, M., Mlejnková, H., Ošlejšková, J., Rozkošný, M., Sedláček, P., Smelík, L., Uhrová, J. Ohrožení památkově chráněných objektů vnějšími vlivy – webová mapová prezentace [on-line]. , 2015, 28. 5. 2015
https://geoportal.npu.cz/ohrozene_pamatky/; http://ohrozenepamatky.vuv.cz/index.php/cz/

Mlejnková H. a kol. Zatopené kulturní a přírodní dědictví jižní Moravy. Moravský zemský archiv Brno, MŽP Praha, CZ. 2. 5. 2016 - 13. 10. 2016

Stubbington R., Barthés A., …, Polášek, M., Straka M., et al. Community ecology and biomonitoring in IRES.

Straka, M., Němejcová, D., Polášek, M. Makrozoobentos na hnědouhelných výsypkách..

Polášek M., Bareš M., Zahrádková S., Sedmidubský Z., Herza T., Němejcová D., Straka M., Opatřilová L., Beneš J., Bojková J. Hodnotící a prezentační webový portál RIVERCHANGE pro sledování dlouhodobých změn biologické diverzity v tekoucích vodách.

Dzuráková, M., Zárubová, K., Uhrová, J., Rozkošný, M., Smelík, L., Němejcová, D., Zahrádková, S., Štěpánková, P., Macků, J. Potenciál aplikace přírodě blízkých opatření pro zadržení vody v krajině a zlepšení ekologického stavu vodních útvarů.

Zahrádková, S., Hájek, O., Treml, P., Pařil, P., Straka, M., Němejcová, D., Polášek, M., Ondráček, P. Mapa zranitelnosti toků vysýcháním České republiky.

Straka M., Polášek M., Pařil P., Zahrádková S., Šikulová L., Nerudová J., Němejcová D., Opatřilová L. Seznam indikátorů permanence průtoku drobných vodních toků se souborem jednotlivých species traits.

Tušil, P., Rieder, M., Durčák, M., Fuksa, J.K., Prachalová, H., Vyskoč, P., Rosendorf, P., Mičaník, T., Němejcová, D, Syrovátka, V., Kokeš, J. SWOT analýza systémů vymezení útvarů povrchových vod tekoucích.